In Erinnerung an den ersten christlichen Märtyrer (Apostelgeschichte, Kap. 7), dem sowohl Katholiken als auch Protestanten gedenken, stellt der Stephanuskreis sowohl den Schutz verfolgter Christen als auch Religionsfreiheit und religiöse Toleranz ins Zentrum seiner Arbeit. Religionsfreiheit ist ein zentrales Menschenrecht, das jedoch in vielen Ländern weltweit nicht oder nicht ausreichend gewährt wird. Christen haben am stärksten unter Bedrängnis und Verfolgung zu leiden. Die Übergriffe reichen von unzureichendem Minderheitenschutz über staatliche Diskriminierungen bis hin zu körperlicher Gewalt gegen oder gar Mord an Christen.

Doch auch die anderen Religionen verliert der Stephanuskreis nicht aus dem Blick. Denn das Menschenrecht der Religionsfreiheit gilt stets uneingeschränkt für alle. Dort, wo etwa die Rechte von Minderheiten generell gestärkt werden, gewinnen auch die Christen an Freiheit.

Der Stephanuskreises bietet zunächst einmal den Betroffenen selbst ein Forum, um von ihren Erfahrungen und Problemen zu berichten. Nur wer über die Lage von bedrängten Christen Bescheid weiß, kann helfen. Darüber hinaus können Nichtregierungsorganisationen und Hilfswerke ihre Arbeit vorstellen, ebenso werden unabhängige Experten gehört, die ihre Erkenntnisse darlegen. Die daraus entstehenden Initiativen fließen in die parlamentarische Arbeit der Fraktion ein.

Der Stephanuskreis ist ein lockerer Gesprächskreis, der jederzeit allen Abgeordneten der CDU/CSU-Bundestagsfraktion offensteht.